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生存分析(十三)
上边小胖简单介绍了Kaplan–Meier法,下图是上边那个实例最后形成的两组A和B组病人的K-M曲线如下:
那么A组和B组生存时间到底有没有差别呢?这时我们最常用的统计方法便是Log-rank检验。
我们首先来看一下Log-rank检验的检验假设:
H0:SA(t)=SB(t)
H1: SA(t)≠SB(t)
即检验A组和B组的生存分布是否相同,即检验上边图中的两个生存曲线的分布是否相同。
Log-rank检验通常也被人称为Mantel-Haenszel 检验,其实Log-rank检验其实就是Mantel-Haenszel 的应用,下边我们结合上边这个例子,来对Log-rank检验的具体方法作一简单介绍。
原始数据:
A组: 10, 2,12+,13,18,6+,19,24+,9+,8
B组: 2+,13,7,11+,6,1,11,2,4+,6
(1)两组合并进按时间进行排序,得出时间点:
1,2, 4 ,6, 7,8,9,10,11,12,13,18,19,24
(2)根据时间点形成下列表格
时间 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
期初总数 |
死亡 |
Censoring |
生存 |
|
期初总数 |
死亡 |
Censoring |
生存 |
1 |
10 |
0 |
0 |
10 |
|
10 |
1 |
0 |
9 |
2 |
10 |
1 |
0 |
9 |
|
9 |
1 |
1 |
7 |
4 |
9 |
0 |
0 |
9 |
|
7 |
0 |
1 |
6 |
6 |
9 |
0 |
1 |
8 |
|
6 |
2 |
0 |
4 |
7 |
8 |
0 |
0 |
8 |
|
4 |
1 |
0 |
3 |
8 |
8 |
1 |
0 |
7 |
|
3 |
0 |
0 |
3 |
9 |
7 |
0 |
1 |
6 |
|
3 |
0 |
0 |
3 |
10 |
6 |
1 |
0 |
5 |
|
3 |
0 |
0 |
3 |
11 |
5 |
0 |
0 |
5 |
|
3 |
1 |
1 |
1 |
12 |
5 |
0 |
1 |
4 |
|
1 |
0 |
0 |
1 |
13 |
4 |
1 |
0 |
3 |
|
1 |
1 |
0 |
0 |
18 |
3 |
1 |
0 |
2 |
|
0 |
0 |
0 |
0 |
19 |
2 |
1 |
0 |
1 |
|
0 |
0 |
0 |
0 |
24 |
1 |
0 |
1 |
0 |
|
0 |
0 |
0 |
0 |
(3)列出每个时间的2X2四格表
1个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
10 |
10 |
B组 |
1 |
9 |
10 |
合计 |
1 |
19 |
20 |
2个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
1 |
9 |
10 |
B组 |
1 |
8 |
9 |
合计 |
2 |
17 |
19 |
4个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
9 |
9 |
B组 |
0 |
7 |
7 |
合计 |
0 |
16 |
16 |
6个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
9 |
9 |
B组 |
2 |
4 |
6 |
合计 |
2 |
13 |
15 |
7个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
8 |
8 |
B组 |
1 |
3 |
4 |
合计 |
1 |
11 |
12 |
8个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
1 |
7 |
8 |
B组 |
0 |
3 |
3 |
合计 |
1 |
10 |
11 |
9个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
7 |
7 |
B组 |
0 |
3 |
3 |
合计 |
0 |
10 |
10 |
10个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
1 |
5 |
6 |
B组 |
0 |
3 |
3 |
合计 |
1 |
8 |
9 |
11个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
5 |
5 |
B组 |
1 |
2 |
3 |
合计 |
1 |
7 |
8 |
12个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
5 |
5 |
B组 |
0 |
1 |
1 |
合计 |
0 |
6 |
6 |
13个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
1 |
3 |
4 |
B组 |
1 |
0 |
1 |
合计 |
2 |
3 |
5 |
18个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
1 |
2 |
3 |
B组 |
0 |
0 |
0 |
合计 |
1 |
2 |
3 |
19个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
1 |
1 |
2 |
B组 |
0 |
0 |
0 |
合计 |
1 |
1 |
2 |
24个月
|
死亡 |
生存+censoring |
合计 |
A组 |
0 |
1 |
1 |
B组 |
0 |
0 |
0 |
合计 |
0 |
1 |
1 |
到这一步,大家可能看出来门道了吧,log-rank检验本质就是Mantel-Haenszel检验,下一步的检验方法,就不用小胖再提示了吧,我们应该要计算格子期望数了吧。。。
待续。。。。
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