聘用制是以合同的形式确定事业单位与职工基本人事关系的一种用人制度，即事业单位工作人员在本单位的身份属性通过与单位签订聘用合同确定。事业单位传统的用人制度是职工一旦被调入或分配到其单位，就终身成为该单位的职工。聘用制就是要将传统的用人制度改革成为合同契约式的用人制度；聘任制是事业单位内部具体工作岗位的管理制度，是相对委任制而言的。受聘人拟任工作岗位或职务一般通过竞争取得，确定的形式可以签定聘任合同，也可以签订聘约，或颁发聘书，也可以签订目标责任书。在事业单位人事制度改革中，对某一职工既要通过聘用制确定基本人事关系，又要通过聘任明确具体岗位职务。
人事代理制是在社会主义市场经济条件下产生的一种新的人事管理方式，即人事代理机构（指政府人事部门所属人才交流服务机构）按照国家有关政策法规要求，接受用人单位或个人委托代理有关人事管理与人员使用分离。用人单位与被聘用人员只受双方签定的聘用合同的约束。用人单位有充分的用人自主权，而劳动者则享有充分的择业自主权和流动的权利，真正实现了“单位人”到“社会人”的转变。
从以上可以看出，这其实是两个不能完全并列的制度，区别一，本质不同，聘任制是企业自身的用人制度，而人事代理制是社会人事管理制度；区别二，主体不同，聘任制的主体是企业与劳动者，而人事代理制的主体包括人事代理机构、企业与劳动者；区别三，协调对象不同，聘用制协调的是劳动关系，而人事代理制协调的是人事关系；区别四，主管部门不同，聘用制是主管部门是劳动与社会保障部门，而人事代理制的主管部门是人事部门。
补充楼主的问题，您现在的聘用结合人事代理确是事业单位除正式编制之外最好能争取到的结果了，基本与正式编制职工的工资奖金等方面没有太大区别（当然也有可能有例外），最大区别在于就业保障，您与用人单位的合同是有年限的，年限一到用人单位可以与您解约，而正式编制的职工基本上没什么原则性错误拿到的是一份终身合同