求助如何查找某一SNP是否包括在GWAS chips中

weiwei1986 · 发表于 2013-2-3 17:58:38

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审稿人要查找SNP（比如说 rs1549758）是否represented on GWAS chips? 请问这个如何查找？
谢了！！

ron · 发表于 2013-2-4 21:27:52

1. 在.bim或者.map文件中直接查找；
2. 用plink
如果这个SNP不在芯片上，尝试到HapMap或者GenomeBrowser中去找Proxy

weiwei1986 · 发表于 2013-2-5 14:59:20

ron 发表于 2013-2-4 21:27

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1. 在.bim或者.map文件中直接查找；
2. 用plink
如果这个SNP不在芯片上，尝试到HapMap或者GenomeBrowser中 ...

首先非常感谢您的帮助啊
我浏览了一下plink，功能非常多（http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml），但是从它的网站上下载了之后，安装不上这个软件，不知大侠有安装文件否？
.bim或者.map文件是哪里的文件啊？
我实在是不懂啊，麻烦再进一步给点指导吧，谢谢了啊
还有就是GWAS chips是不是和genotyping chips是一个意思啊，唉惭愧啊。。。

ron · 发表于 2013-2-8 12:56:27

plink不用安装，直接运行即可。

.bim和.map是plink的文件格式，现在很多公司给数据都是直接转成
plink给你

GWAS位点更多

weiwei1986 · 发表于 2013-2-18 06:31:02

ron 发表于 2013-2-8 12:56

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plink不用安装，直接运行即可。

.bim和.map是plink的文件格式，现在很多公司给数据都是直接转成

谢谢忘了给你回复了

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[外文投稿] 求助如何查找某一SNP是否包括在GWAS chips中

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