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[其他话题] 12个医学公共数据库随你挖掘,挖别人的数据,写自己的文章

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09考研人 发表于 2021-2-2 00:03:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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01 NCDB  

网址:https://www.facs.org/quality-programs/cancer/ncdb

美国国家癌症数据库(National Cancer Database, NCDB)是经国家认证的,由美国外科医师学会和美国癌症学会联合组建的,它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库,来源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记录。



02 SEER  

网址:https://seer.cancer.gov/

SEER(Surveillance, Epidemiology, and EndResults Program)是美国癌症统计的权威来源。SEER数据库可提供癌症统计信息,以减轻美国人口中的癌症负担。SEER数据库由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute,NCI)癌症控制和人口科学部(Division of Cancer Control andPopulation Sciences, DCCPS)的监视研究项目(SurveillanceResearch Program, SRP)提供支持。



03 TCGA  

网址:https://cancergenome.nih.gov/

美国癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)和国家人类基因组研究所(NationalHuman Genome Research Institute, NHGRI)合作开发的,目前它包含了33种癌症的数据,每种癌症都涉及关键基因组变化的全面、多维的图谱。TCGA数据库储存有2.5PB的数据,对超过1.1万多名患者的肿瘤组织及配对正常组织进行描述,目前已被广泛应用于研究领域。这些数据已为独立研究人员进行的癌症研究或者TCGA研究网络出版物做出了超过1千多项的贡献。

在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐,但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理,以下是其中整理最为完整和可靠的:

GDAC: http://gdac.broadinstitute.org/

Cancer Browser: https://genome-cancer.ucsc.edu/

cBioportal: http://www.cbioportal.org/index.do



04 METABRIC  

网址:http://molonc.bccrc.ca/aparicio-lab/research/metabric/

网址:https://ega-archive.org/dacs/EGAC00001000484

国际乳腺癌协会的分子分类数据库(Molecular Taxonomy of Breast Cancer International Consortium, METABRIC) 是一个加拿大-英国联合项目,旨在根据有助于确定最佳治疗过程的分子特征将乳腺肿瘤进一步分类。我们迄今为止已经根据肿瘤的基因指纹将乳腺癌重新分类为10个全新的类别。这些基因可以对乳腺癌生物学提供迫切需要的洞察力,使医生能够预测肿瘤是否会对某种特定的治疗产生反应。肿瘤是否有可能扩散到身体的其他部位,或者治疗后是否有可能复发。



05 GEO  

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

基因表达库(Gene Expression Omnibus,GEO) 是一个支持微阵列实验的最小信息(MinimumInformation About a Microarray Experiment, MIAME)兼容数据提交的公共功能基因组数据存储库。可接受基于数组或序列的数据。提供相关工具帮助用户查询和下载实验和管理基因表达谱。



06 WHO Mortality Database  

网址:http://www.who.int/healthinfo/mortality_data/en/

世界卫生组织死亡数据库(WHO Mortality Database)是对各个成员国的居民登记系统按照年龄、性别和死因汇编的每年死亡数据。



07 Orphanet  

网址:http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/index.php?lng=EN

Orphanet数据库是为所有用户提供罕见病和罕见病药物信息的开放门户,目的在于提高罕见病的诊断、护理和治疗效果。



08 DGV  

网址:http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home

基因组变异数据库(Database of Genomic Variants, DGV)目的是提供人类染色体结构变异的概况信息,数据库记录了一系列基因变异与表型相关的信息,数据库信息持续更新中。



09 DECIPHER  

网址:https://decipher.sanger.ac.uk/index

利用染色体组分资源建立人类染色体不平衡和表型数据库(Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensemble Resources, DECIPHER)是目前分子遗传学中最重要的生物信息学数据库之一。用户可以通过检索数据库,发现一系列相关的遗传疾病信息,包括变异位点、临床表型等,提高临床诊断效能。DECIPHER数据库包含了超过200家研究中心上传的超过1万例的案例信息。



10 OMIM  

网址:http://www.omim.org/

在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM)是目前分子遗传学中最重要的生物信息学数据库之一。数据库持续更新,主要着眼于可遗传的或遗传性的基因疾病,包括文本信息和相关参考信息、序列纪录、图谱和相关其他数据库。



11 Comparative Toxicogenomics Database  

网址:http://ctdbase.org/

比较基因组数据库(Comparative ToxicogenomicsDatabase, CTD)是一个强大的、公开可用的数据库,旨在提高人们对环境暴露如何影响人类健康的了解。它提供了关于化学基因/蛋白质相互作用、化学疾病和基因疾病关系的相关信息。这些数据与功能和路径数据相结合,以帮助验证关于环境影响疾病的机制假设。



12 Kaplan Meier Plotter  

网址:http://kmplot.com/analysis/

Kaplan MeierPlotter是一个包含5种癌症(乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌、肝癌)的mRNA表达谱芯片公共数据库,从中能够获得基因表达与疾病预后的信息。

评分

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zhek 发表于 2021-2-2 08:24:14 | 显示全部楼层
好东西,值得收藏,慢慢品尝。
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我回来了了 发表于 2021-2-2 08:47:14 | 显示全部楼层
虽然很可能用不到,还是要顶一个
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epiman 发表于 2021-2-2 09:55:05 | 显示全部楼层
GWAS研究可利用的数据库(20200424更新)
https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8969440.html
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epiman 发表于 2021-2-2 09:57:35 | 显示全部楼层
Research in CTGlab explores the genetic and environmental causes of individual differences in brain-related health and disease. We integrate knowledge from different fields (genetics, neuroscience, bioinformatics, biology, machine learning), use and develop analytical tools to analyze and understand genomic data for complex traits, and connect to neuroscience to prove causation in wet-lab experiments.
https://ctg.cncr.nl/
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huangjizheng 发表于 2021-2-19 08:16:00 | 显示全部楼层
感谢感谢!这么好的资料,楼主费心了!
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syjnihao 发表于 2021-3-15 16:14:45 | 显示全部楼层
楼主威武,感谢
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index 发表于 2021-5-6 21:36:10 | 显示全部楼层
小硕公共卫生,虽然不懂怎么用这些数据来写文章,但还是感谢楼主
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slmior 发表于 2021-6-1 13:54:42 | 显示全部楼层
昨晚还在找这个,今天就刷到了,感谢!
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Nepal 发表于 2021-6-6 16:28:46 | 显示全部楼层
收藏了!感谢楼主
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